La Universidad Nacional de Asunción (UNA), fue fundada el 24 de setiembre de 1889, mediante un proyecto de José Segundo Decoud, este proyecto fue aprobado durante el gobierno de Patricio Escobar. Como primer rector fue designado Ramón Zubizarreta, quien ocupó el cargo hasta el 30 de abril de 1891. En sus inicios contaba con las facultades de Derecho, Medicina y Matemáticas, y las escuelas de Escribanía, Farmacia y Obstetricia.
La UNA fue la única institución universitaria del país hasta el año 1960 en que se habilita la Universidad Católica “Nuestra Señora de la Asunción”.
Hoy día la UNA, cuenta con más de 40 mil estudiantes universitarios en sus aulas con casi 74 carreras de diversas áreas científicas, sociales, artísticas y tecnológicas, ofreciendo a los estudiantes la más amplia y completa gama de oportunidades de formación profesional.
Cuenta con filiales en Pedro Juan Caballero, Caacupé, San Juan Bautista, Santa Rosar Misiones, Caazapá, Villarrica, Coronel Oviedo, Caaguazú, Paraguarí, Villa Hayes, San Pedro, San Estanislao, Boquerón y Benjamín Aceval.
Durante el gobierno tirano de Alfredo Stroessner (1954-1989) los estudiantes universitarios tienen una importante participación en el Movimiento Independiente de resistencia a la dictadura, por lo que muchos de sus dirigentes son encarcelados, secuestrados, perseguidos o exiliados; se clausuran facultades y carreras. En 1987 se constituyó la hasta ahora más importante organización universitaria paraguaya, la Federación de Estudiantes Universitarios del Paraguay (FEUP), con la participación de estudiantes de la UNA y la Universidad Católica de Nuestra Señora de la Asunción esta organización adopta un discurso abiertamente opositor al gobierno, por lo que se moviliza contra éste y a favor de la autonomía que en la práctica la UNA no poseía.
Tras la caída de la dictadura el 3 de febrero de 1989, el movimiento estudiantil se desorganiza y algunas organizaciones dejan de funcionar. Recién a mediados del año 1996 se reagrupan los universitarios de esta universidad en la FEUNA (Federación de Estudiantes de la UNA), la cual aglutina a los Centros Estudiantiles (asociaciones) de todas las facultades, y lucha principalmente por los derechos estudiantiles, y contra las frecuentes amenazas de recorte al presupuesto de gastos por parte de los gobiernos nacionales encabezados por el Partido Colorado o por los pluripartidistas congresos nacionales. La FEUNA queda acéfala durante unos años, hasta que en el 2001 es reconformada por los estudiantes de diversas facultades.
Merced a la nueva Constitución Nacional de la República de 1992, es redactado y aprobado el Estatuto Universitario, ley que ayuda a garantizar cierta autonomía a la universidad. Posibilita entre otras cosas la primera elección interna de un rector, el cual antes era designado por decreto del presidente, y ya no lo sería desde 1999.
